هیأت امنا عالی‌ترین رکن و مرجع تصمیم‌گیری در دانشگاه است که وظایف و اختیارات آن در قانون تشکیل هیأت‌های امنای دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب جلسات ۱۸۱ و ۱۸۳ مورخ ۱۳۶۷/۱۲/۰۹ شورای عالی انقلاب فرهنگی) و همچنین قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب ۱۳۶۹/۱۰/۱۸ مجلس شورای اسلامی) تعیین شده است.
دانشگاه‌های دولتی وابسته به وزارت عتف در استان یزد شامل دانشگاه یزد، دانشگاه اردکان و دانشگاه میبد بوده که همگی در قالب یک هیأت امنا اداره می‌شوند. در حال حاضر این هیأت امنا دارای ۶ عضو حقوقی و ۶ عضو حقیقی به شرح زیر بوده و دبیرخانه آن در دانشگاه یزد مستقر می‌باشد.
